Matches comptant pour la 2ème phase de la Coupe de la Ligue, qui se sont joués en aller-retour le 24 septembre, le 29 octobre et le 16 novembre. Seules surprises, les éliminations de Paços de Ferreira et Penafiel, battus par União da Madeira et par le Sporting da Covilhã, respectivement.
 
Participent à cette phase les huit qualifiés du premier tour (Chaves, União, Covilhã, Académico, Oriental, Tondela, Trofense et Atlético), les cinq équipes classées entre la 11e et la 15e place du dernier championnat (Rio Ave, Arouca, Gil Vicente, Belenenses et Paços de Ferreira), les deux promus et Boavista, qui a été réintégré en Liga.

 

4-2	União Madeira	-	Paços de Ferreira	2-2
0-2	Atlético	-	Gil Vicente	1-1
3-1	Académico Viseu	-	Belenenses	0-2 (1-4)
1-2	Trofense	-	Moreirense	2-1 (4-5)
1-1	Tondela	-	Arouca	0-1
0-0	Oriental	-	Boavista	0-5
3-1	Covilhã	-	Penafiel	0-1
1-1	Chaves	-	Rio Ave	0-0 (2-4)
Entre parenthèses, le résultat des tirs au but.